Семинария на основании Федерального закона от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «Об образовании в Российской Федерации» Статьи 87 пункт 9 и Федерального закона от 26.09.1997 N 125-ФЗ (ред. от 06.07.2016) "О свободе совести и о религиозных объединениях" Статьи 19 пункт 3 не осуществляет образовательные программы в соответствии ФГОС.

В Религиозной духовной образовательной организации высшего образования Московская богословская семинария евангельских христиан-баптистов образовательные стандарты отражены в реализуемых семинарией основных образовательных программах, утвержденных Учредителем.

Образовательные стандарты Централизированной религиозной организации "Российский союз евангельских христиан-баптистов" по подготовке служителей и религиозного персонала религиозный организаций, в том числе по направлению подготовки "богословие" (теология), уровень образования бакалавриат и магистратура.